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Obtention d'un mapping des AC RefSeq vers les AC Uniprot

Obtention d'un mapping des AC RefSeq vers les AC Uniprot


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J'essaie d'obtenir une correspondance entre les numéros d'accès RefSeq et les numéros d'accès Uniprot.

Je peux écrire un script pour le faire pour une liste d'AC RefSeq comme ceci :

#!/usr/bin/python """ Dérivé de : http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example """ import urllib import urllib2 url = 'http://www.uniprot.org/mapping /' params = { 'de':'P_REFSEQ_AC', 'à':'ACC', 'format':'tab', 'requête':'NP_511114.2 NP_004295.2 NP_031465.2 XP_004934106.1', } données = urllib.urlencode(params) request = urllib2.Request(url, data) # Veuillez définir votre adresse e-mail ici pour nous aider à déboguer en cas de problème. contact = "[email protected]" request.add_header('User-Agent', 'Python %s' % contact) response = urllib2.urlopen(request) page = response.read(2000000) imprimer la page

Je suis curieux de savoir s'il existe un moyen de demander la cartographie complète des gènes humains aux protéines.

J'ai essayé de configurer une requête à partir des ressources Uniprot, mais je ne vois pas comment obtenir les données RefSeq de cet outil.

http://www.uniprot.org/uniprot/?query=reviewed:yes+AND+organism:9606#customize-columns

Je suis heureux d'utiliser une ressource autre qu'Uniprot.


Vous avez un tas d'options :

  1. Vous pouvez utiliser Biomart. Biomart est un outil autonome, mais possède également des bibliothèques pyton et R. Il vous offre donc plus d'options en fonction de votre langage de programmation préféré. C'est un outil largement utilisé et qui fonctionne généralement bien.

    • biomart http://www.biomart.org/
    • bibliothèque python biomart
    • Bibliothèque biomart R (de bioconductor) Biomart est largement utilisé et dispose d'une documentation complète.
  2. Utilisez une bibliothèque python appelée pyEntrezID https://pypi.python.org/pypi/pyEntrezId/1.4.7 Vous pouvez effectuer toutes sortes de conversions d'identifiants, mais je ne l'ai jamais essayé.

  3. Vous pouvez essayer les outils NCBI ou l'un des points de terminaison de l'API REST Ensembl


Ester monométhylique de magnésium-protoporphyrine IX cyclase [oxydante]

<p>Le score d'annotation fournit une mesure heuristique du contenu d'annotation d'une entrée UniProtKB ou d'un protéome. Ce score <strong>ne peut pas</strong> être utilisé comme mesure de l'exactitude de l'annotation car nous ne pouvons pas définir la « bonne annotation » pour une protéine donnée.<p><a href='/help/annotation_score' target='_top'> Suite. </a></p> - Protéine déduite de l'homologie i <p>Ceci indique le type de preuve qui soutient l'existence de la protéine. Notez que la preuve « existence de protéines » ne donne pas d'informations sur l'exactitude ou l'exactitude de la ou des séquences affichées.<p><a href='/help/protein_existence' target='_top'>Plus. </a></p>

Sélectionnez une section sur la gauche pour voir le contenu.


<p>Cette section fournit toutes les informations utiles sur la protéine, principalement des connaissances biologiques.<p><a href='/help/function_section' target='_top'>Plus. </a></p> Fonction i

<p>Le projet <a href="http://www.geneontology.org/">Gene Ontology (GO)</a> fournit un ensemble de vocabulaire contrôlé hiérarchiquement divisé en 3 catégories :<p><a href='/help/ gene_ontology' target='_top'>Plus. </a></p> GO - Fonction moléculaire i

    Source : GO_Central <p>Inféré à partir de l'aspect biologique de l'ancêtre</p> <p>Type de preuve phylogénétique selon laquelle un aspect d'un descendant est inféré par la caractérisation d'un aspect d'un gène ancestral.< /p> <p>Plus d'informations dans le <a href="http://geneontology.org/page/guide-go-evidence-codes#iba">guide des codes de preuves GO</a></p > Déduit de l'aspect biologique de l'ancêtre i

      Obtention d'une cartographie des AC RefSeq vers les AC Uniprot - Biologie

      Pour éviter la duplication du travail au sein d'UniProt, la version PIR-PSD 80.00 (31-Dec-2004) est la version finale.
      Les données PIR-PSD ont été importées dans UniParc et des références croisées bidirectionnelles entre Swiss-Prot + TrEMBL et PIR-PSD ont été créées pour permettre un suivi facile des anciennes entrées PIR-PSD dans UniProtKB. Toutes les séquences appropriées dans PIR-PSD qui manquent dans Swiss-Prot + TrEMBL sont incorporées dans la section TrEMBL de la base de connaissances UniProt. De plus, toutes les références valides et les données vérifiées expérimentalement présentes dans PIR-PSD, mais manquantes dans Swiss-Prot + TrEMBL, sont également transférées vers les enregistrements UniProtKB pertinents.

      NREF est une base de données complète pour la recherche de séquences et l'identification de protéines, contenant des séquences de protéines non redondantes d'UniProtKB, RefSeq, GenPept et PDB. Étant donné que la base de données UniParc a une couverture d'espace de séquence similaire, les séquences NREF absentes dans UniProtKB, mais présentes dans UniParc, sont récupérables après avoir effectué une recherche de texte dans iProClass. Cela a été décidé dans le but de fournir une base de données complète centralisée et de minimiser la duplication du travail entre UniProt et PIR.

      Jusqu'à récemment, les bases de données TrEMBL + Swiss-Prot et la base de données de séquences de protéines PIR (PIR-PSD) coexistaient avec différentes priorités de couverture et d'annotation de séquences de protéines. En 2002, les responsables de ces bases de données - European Bioinformatics Institute, Swiss Institute of Bioinformatics et Protein Information Resource, respectivement - ont uni leurs forces sous le nom de Universal Protein Resource Consortium (UniProt Consortium). La mission principale du consortium est de soutenir la recherche biologique en maintenir une base de données de haute qualité qui sert de base de connaissances stable, complète, entièrement classée, richement et précisément annotée sur les séquences de protéines, avec de nombreuses références croisées et des interfaces d'interrogation librement accessibles à la communauté scientifique. UniProt s'appuie sur les bases solides posées par les membres du consortium depuis de nombreuses années.

      Un numéro d'accession (AC) est attribué à chaque séquence lors de son inclusion dans UniProtKB. Les numéros d'accès sont stables d'une version à l'autre. Si plusieurs entrées de la base de connaissances UniProt sont fusionnées en une seule, pour des raisons de réduction de la redondance, les numéros d'accès de toutes les entrées pertinentes sont conservés. Chaque entrée a un AC principal et des AC secondaires en option.
      Un identifiant est un identifiant unique, contenant souvent des informations biologiquement pertinentes. Il est parfois nécessaire, pour des raisons de cohérence, de modifier les identifiants (par exemple pour s'assurer que les entrées liées portent des noms similaires). Une autre cause courante de modification d'un ID est lorsqu'une entrée est promue de la section TrEMBL d'UniProt (avec des enregistrements annotés par calcul) vers la section Swiss-Prot (avec des enregistrements entièrement organisés). Cependant, un numéro d'accession est toujours conservé et permet donc une citation sans ambiguïté des entrées UniProt.

      Nous vous invitons et vous encourageons à fournir des liens vers PIR à partir de votre base de données ou programme. Veuillez vous référer à Use/Link to PIR pour obtenir des informations détaillées sur cette procédure.

      Oui, il existe une option de sauvegarde "Table" dans le coin droit de la page de résultats qui vous permet de le faire. Vous pouvez ensuite ouvrir le fichier à l'aide de n'importe quel tableur.

      Le rapport iProClass fournit une vue alternative des protéines UniProtKB. En plus des informations présentées dans le rapport UniProtKB, il contient des informations détaillées sur la classification des familles de protéines (PIRSF), la structure et la fonction des protéines, et il permet également le mappage d'identifiants sur plusieurs bases de données.

      Le PIR s'est récemment associé à l'Institut européen de bioinformatique et à l'Institut suisse de bioinformatique pour établir la ressource protéique universelle (UniProt), la ressource centrale de la séquence et de la fonction des protéines. Veuillez soumettre vos séquences directement à UniProtKB en utilisant SPIN, le nouvel outil Web pour soumettre des protéines directement séquencées.

      Le premier niveau de classification PIRSF est la famille homéomorphe (HFam), dont les membres sont à la fois homologues (issus d'un ancêtre commun) et homéomorphes (partageant une similitude de séquence complète et une architecture de domaine commune). A un niveau inférieur se trouvent les sous-familles (Sous-Fam) qui sont des clusters représentant une spécialisation fonctionnelle et/ou une variation d'architecture de domaine au sein de la famille. Au-dessus du niveau homéomorphe, il peut y avoir des superfamilles parentales (SuperFam) qui relient des familles éloignées et des protéines orphelines basées sur des domaines communs. Ils peuvent être des superfamilles homéomorphes, mais sont plus susceptibles d'être des superfamilles de domaines si les domaines communs ne s'étendent pas sur toute la longueur des protéines. Parce que les protéines peuvent appartenir à plus d'une superfamille de domaines, la structure PIRSF est formellement un réseau.

      Il est possible qu'aucune correspondance PIRSF ne soit renvoyée après une analyse, la raison étant que la protéine de requête est analysée par rapport à un ensemble réduit de PIRSF. Seuls les PIRSF entièrement organisés et associés à des modèles HMM étalonnés sont pris en compte pour l'analyse.
      D'un autre côté, si la protéine de requête est liée à un membre qui a été placé manuellement par un conservateur, il est possible que l'algorithme n'atteigne pas le PIRSF concerné.


      Figure 2

      Figure 2. Tests fonctionnels de riboswitchs utilisant une matrice à haut débit. (A) Chaque groupe de la matrice contenait initialement une seule espèce d'ADN simple brin provenant d'un pool d'oligos synthétisé. L'ADNdb a été généré par extension de Klenow avec une amorce biotinylée, et l'ARN a été transcrit par l'ARN polymérase jusqu'à ce qu'il soit bloqué au barrage routier de la streptavidine. (B) La protéine MS2 marquée par fluorescence a été injectée à des concentrations variables pour permettre la mesure de la liaison. (C) La technologie du réseau permet de mesurer les courbes de liaison sur des dizaines ou des centaines de grappes répliquées pour chaque conception et condition de solution. (D) La médiane sur la distribution de l'ajustement Ka été utilisé pour estimer le taux d'activation de la commutation. Dans cet exemple d'interrupteur ON, le taux d'activation de 11 a été mesuré sur 172 clusters indépendants affichant le même interrupteur.


      Soumettre avec un format rapide

      Toutes les revues de l'ACS et les revues partenaires ont simplifié leurs exigences de mise en forme en faveur d'un format prêt à l'examen rationalisé et standardisé pour une soumission initiale de manuscrit. Ce changement permet aux auteurs de se concentrer sur le contenu scientifique nécessaire à une révision efficace plutôt que sur des problèmes de formatage. Cela aidera également à garantir que les évaluateurs sont en mesure de se concentrer sur le mérite scientifique d'une soumission pendant le processus d'évaluation par les pairs et d'accélérer le processus de transfert vers une autre revue de l'ACS, le cas échéant. En savoir plus sur les exigences et les avantages qu'elles offrent aux auteurs et aux réviseurs ici. Manuscrits soumis à ES&T pour l'examen initial doit adhérer à ces normes:

      • Le format préféré pour ES&T Les fichiers manuscrits sont un document Microsoft Word avec le texte et tous les graphiques, y compris l'art de la table des matières (art de la table des matières), intégrés dans ce seul fichier Word.
      • Le texte de tous les types d'articles doit être à double interligne dans une seule colonne avec les lignes numérotées consécutivement dans une colonne séparée à la marge.
      • Les soumissions doivent être complètes avec des sections standard clairement identifiées utilisées pour rapporter la recherche originale, sans annotations ni points saillants, et inclure tous les composants numérotés et étiquetés.
      • Les figures, graphiques, tableaux, schémas et équations doivent être intégrés dans le texte au point pertinent. Des graphiques séparés peuvent être fournis ultérieurement lors de la révision, si nécessaire.
      • Les références peuvent être fournies dans n'importe quel style, mais elles doivent être complètes, y compris les titres. Pour plus d'informations sur les composants requis des différents types de référence, veuillez vous référer au Guide rapide de style ACS.
      • Les informations à l'appui doivent être soumises sous forme de fichier(s) séparé(s).

      Modèles et format de document

      L'utilisation de modèles de manuscrits est ne pas requis pour ES&T, mais il peut être utile de consulter pour se rapprocher de la composition d'un article. En savoir plus sur les modèles de documents :

      Des instructions génériques supplémentaires pour la soumission des manuscrits et des informations à l'appui sont disponibles au Centre de publication ACS. Des informations générales sur la préparation des manuscrits peuvent également être trouvées dans le Le guide de style ACS.

      Limites de longueur. Les limites de longueur pour chaque type d'article sont répertoriées dans la section Types d'article. À l'exception des points de vue et des lettres à l'éditeur, la longueur de l'article peut être déterminée en comptant tout le texte, à l'exclusion de la page de titre, des références et des légendes des figures/tableaux. Ensuite, ajoutez 300 mots pour chaque petite figure, schéma ou tableau qui occupe une partie d'une page. Les grandes figures en plusieurs parties, les tableaux détaillés, les cartes détaillées ou les voies chimiques occupant une page ou plus doivent être comptés comme 600 mots. À la discrétion de l'éditeur désigné, certaines figures ou tableaux peuvent compter plus de 600 mots.

      Les manuscrits qui dépassent la limite de longueur ne seront pas soumis (retournés à la section Brouillon de Paragon Plus) avec une demande de raccourcissement, ou ils peuvent être immédiatement rejetés. Pour réduire la longueur, rendez les sections Introduction et Discussion plus concises. En outre, faites un usage approprié des informations à l'appui (SI voir ci-dessous), qui sont également facilement accessibles aux lecteurs des manuscrits sur le ES&T site Internet.

      Les auteurs qui pensent qu'il est essentiel de dépasser la limite de longueur doivent inclure un argument convaincant dans leurs lettres de motivation. En fin de compte, cependant, la décision quant à savoir si un manuscrit qui dépasse la longueur recommandée est approprié pour la révision est prise par l'éditeur désigné.

      Logiciels acceptables, désignations de fichiers et TeX/LaTeX

      Consultez la liste des logiciels acceptables et les désignations de fichiers appropriées pour vous assurer que vos types de fichiers sont compatibles avec ACS Paragon Plus. Des informations sur les manuscrits générés à partir de TeX/LaTeX sont également disponibles.

      Lettre de motivation

      Une lettre de motivation doit accompagner chaque soumission de manuscrit. Dans votre lettre d'accompagnement, veuillez fournir une justification de la publication dans ES&T, en précisant la pertinence environnementale. Une fraction substantielle des soumissions à ES&T ne sont pas envoyés pour examen, car un éditeur conclut que le manuscrit ne répond pas aux normes de la revue en matière de nouveauté, de mérite scientifique ou d'importance environnementale. La lettre de motivation est votre opportunité de convaincre le rédacteur en chef que ce n'est pas le cas. Citations de travaux antérieurs connexes publiés dans ES&T peut également être utile au rédacteur en chef.

      Pendant le processus de soumission, vous pouvez le saisir ou le coller dans le système de soumission, ou vous pouvez le joindre sous forme de fichier. La lettre d'accompagnement doit énumérer les auteurs et leurs affiliations, donner le titre du manuscrit et fournir les coordonnées complètes de tous les auteurs. Si vous avez un éditeur non préféré, vous pouvez expliquer la raison de votre demande dans votre lettre de motivation.

      Composants de texte manuscrit

      Présumer ES&T les lecteurs sont des professionnels qui ne sont pas nécessairement des experts dans votre domaine particulier. Épelez tous les acronymes lors de la première utilisation dans le résumé et dans le corps de l'article. ES&T n'autorise pas les notes de bas de page, à l'exception d'une note de bas de page d'information sur l'auteur sur la page de titre et des notes de bas de page de détail/définition du tableau.

      Éléments d'un manuscrit

      Les différentes sections du manuscrit sont décrites en détail ci-dessous :

      • Titre et paternité
      • Résumé, mots-clés et résumé
      • Graphique pour la table des matières (TOC)/l'art abstrait
      • introduction
      • Matériaux et méthodes
      • Résultats et discussion
      • Abréviations
      • Reconnaissance
      • Sources de financement
      • Les références
      • Tableaux et figures
      • Formules et équations
      • Structures chimiques
      • Objets Web améliorés (WEO)
      • Renseignements à l'appui
      • Illustration de la couverture avant

      Titre. Utilisez un titre bref, précis et informatif. Les mots-clés dans les titres aident à une recherche efficace de la littérature. Si des noms commerciaux sont utilisés, indiquez les noms génériques entre parenthèses.

      Paternité. Indiquez le prénom complet, les initiales du deuxième prénom et le nom de famille de chaque auteur. Omettez les titres professionnels et officiels. L'affiliation d'un auteur doit être basée sur l'endroit où il se trouvait lorsque le travail a été exécuté. Lorsque l'adresse actuelle d'un auteur est différente, incluez les nouvelles informations dans une note de bas de page. Dans un article avec plus d'un auteur, le nom de l'auteur correspondant, à qui les demandes post-publication doivent être adressées, porte un astérisque (*). Fournissez une adresse e-mail pour l'auteur correspondant.

      De nombreux bailleurs de fonds et institutions exigent que les affiliations institutionnelles soient identifiées pour tous les auteurs répertoriés dans le travail soumis. ACS facilite cette exigence en collectant des informations sur l'institution pendant le processus de soumission du manuscrit dans ACS Paragon Plus (étape 2 dans Paragon Plus : auteurs et affiliations).

      Inclure comme co-auteurs tous ceux qui ont apporté une contribution substantielle au travail. L'ajout ou la suppression d'un ou plusieurs auteur(s) après la soumission du manuscrit nécessite une justification de l'auteur correspondant et est soumis à l'approbation éditoriale. Les personnes décédées qui répondent aux critères d'inclusion en tant que co-auteurs doivent être incluses, avec une note « Informations sur l'auteur » indiquant la date du décès.

      Résumé, mots-clés et résumé.

      Résumé. Un résumé clair et concis de 150 & ndash200 mots doit accompagner les articles de recherche, les revues et les manuscrits de perspective. Sous forme de résumé d'un paragraphe, décrivez l'objectif, les méthodes ou les procédures, les nouveaux résultats significatifs et les implications. Définissez les abréviations ou acronymes utilisés dans le résumé. Incluez les principales données quantitatives si elles peuvent être énoncées brièvement, mais n'incluez pas de documents de référence. Ne pas inclure de numéros de référence dans le résumé.

      Pour les fonctionnalités, incluez un résumé plus court de 3 à 5 phrases, écrit à un niveau compréhensible pour le grand public scientifique.

      Mots clés. Les articles de recherche, l'analyse des politiques, les revues, les perspectives, les caractéristiques et les points de vue doivent être accompagnés de 5&ndash8 mots-clés. Les auteurs sont encouragés à inclure des mots-clés significatifs qui n'apparaissent pas dans le titre pour élargir la découvrabilité et aider le lecteur dans la recherche documentaire. Les mots-clés sont publiés immédiatement avant le texte, après le résumé.

      Synopsis. Un synopsis est une brève déclaration non technique (

      20 mots) expliquant pourquoi les résultats de votre article ont une pertinence et une importance environnementales et comment la science ou la technologie informe un système environnemental spécifique (air, eau, sol, être humain ou autre biote), des interactions de système ou une politique. Le synopsis est obligatoire pour Articles de recherche, analyse des politiques, perspectives et caractéristiques et doivent être présents lors de la soumission. Le résumé doit être une phrase complète. Le synopsis n'est PAS une description du graphique TOC/Abstract.

      Graphique pour la table des matières (TOC)/l'art abstrait. Ce graphique, requis pour les articles de recherche, les revues, les perspectives et les articles, apparaît à côté du résumé en ligne et dans toutes les versions de l'article. Il est également utilisé dans d'autres situations dans lesquelles un graphique représentatif est nécessaire (par exemple, les médias sociaux). L'image sélectionnée doit donner aux lecteurs une représentation visuelle rapide de l'essence du papier. Il doit être simple et relativement exempt de texte et de caractères techniques, et utiliser la couleur pour un impact visuel. L'art abstrait peut inclure une photographie d'un site de terrain ou un schéma décrivant les principales conclusions de l'article. Veuillez consulter un numéro récent de la revue pour des exemples. Des directives pour les spécifications TOC/Abstract Art sont également disponibles. Veuillez également consulter l'annexe 3 pour une liste des programmes graphiques approuvés qui ont des accords de droit d'auteur acceptables en place pour l'utilisation commerciale des graphiques dessinés par l'auteur.

      Toutes les parties du graphique de la table des matières doivent avoir été créées par les auteurs de l'article. Le matériel qui n'est pas réellement créé par les auteurs ne peut pas apparaître dans les graphiques TOC même si le propriétaire du droit d'auteur du matériel ne veut pas de crédit.

      Exigence de taille = 240 points de largeur sur 135 points de hauteur (3,25" x 1,75" environ 8,25 cm sur 4,45 cm)

      • Les images doivent être originales (non publiées auparavant) et créées par l'un des auteurs de l'article.
      • Aucune déclaration de droit d'auteur, de crédit, d'autorisation ou d'attribution n'est autorisée.
      • Aucune légende ou légende n'est autorisée.
      • Les photographies ne peuvent montrer aucune personne identifiable à moins qu'une autorisation de modèle ne soit fournie pour TOUTES les personnes identifiables. Toute photographie doit avoir été prise par un auteur de l'article.
      • Aucun copyright, domaine public, licence Creative Commons, ClipArt ou matériel photographique ne peut être utilisé.
      • Aucun timbre-poste, devise ou article de marque (logos d'entreprise ou institutionnels, images et produits) ne peut apparaître dans le graphique.
      • Aucune carte ne peut être utilisée.
      • L'art de la table des matières est soumis à l'approbation finale de l'éditeur désigné
      • Les auteurs doivent certifier dans leurs lettres d'accompagnement qu'ils se sont conformés à cette politique d'art TOC et confirmer que l'image soumise a été créée par un auteur et n'a jamais été publiée.

      Introduction. L'introduction doit expliquer de manière claire et concise la motivation du travail, son importance et son originalité, où il s'inscrit dans le développement du domaine et pourquoi il doit être intéressant pour ES&T lecteurs. Discutez des relations de l'étude avec des travaux déjà publiés, mais ne réitérez pas ou ne fournissez pas une étude documentaire complète. Les résultats actuels ne doivent pas être inclus ou résumés dans cette section. Les sections d'introduction comptent généralement environ 500 mots.

      Matériaux et méthodes.Décrivez les facteurs pertinents et critiques impliqués dans le travail expérimental, mais évitez les descriptions excessives. Les détails non essentiels à la compréhension de l'article peuvent être placés dans les informations de support (SI). Les méthodes expérimentales spécifiques doivent être suffisamment détaillées pour que d'autres puissent répéter les expériences sans équivoque. Énumérez les appareils ou instruments spécialisés dont les performances peuvent varier ou affecter la qualité des données obtenues (par exemple, la résolution spectroscopique), y compris le fournisseur. Si les procédures sont déjà publiées, fournissez des citations de publications antérieures et développez uniquement les différences dans le travail actuel. Les auteurs doivent mettre l'accent sur tout danger ou risque inattendu, nouveau et/ou important associé au travail signalé et ces informations de sécurité doivent être incluses dans la section Matériaux et méthodes.

      Résultats et discussion. Soyez complet mais concis. Discutez de vos résultats, postulez des explications pour les données, élucidez les modèles et comparez vos résultats avec ceux des autres. Évitez les comparaisons ou contrastes non pertinents, toute spéculation non étayée par les données présentées et la discussion verbeuse. Une conclusion distincte ne doit pas être utilisée. Aucune déclaration finale ne doit être incorporée sous Résultats et discussion.

      Abréviations.Des abréviations spécialisées peuvent être utilisées à condition qu'elles soient placées entre parenthèses après le(s) mot(s) au premier point d'utilisation. N'incluez pas de liste d'abréviations distincte. Utilisez les unités SI et consultez le Guide de style ACS pour les listes d'unités SI et les formes préférées d'abréviations couramment utilisées.

      Reconnaissance. N'incluez que les crédits essentiels pour reconnaître l'aide financière ou professionnelle à la conduite de la recherche. Les sources de soutien financier doivent être reconnues. Omettez les titres académiques et sociaux.

      Informations sur l'auteur. Une section peut être incluse, au besoin, intitulée &ldquoAuthor Information&rdquo pour fournir des informations pertinentes sur les auteurs, telles que les noms des auteurs qui ont contribué à parts égales à l'article, ou des détails sur la date de décès d'un auteur décédé.

      Sources de financement.Les auteurs sont tenus de déclarer TOUTES les sources de financement et les numéros de subvention/d'attribution pertinents pour leur manuscrit. Pour répondre à cette exigence, l'auteur soumettant doit entrer toutes les sources de financement pour TOUS les auteurs pertinents pour la soumission à la fois dans l'outil Open Funder Registry du site de soumission ACS Paragon Plus et dans le manuscrit. Voir cette page pour des instructions complètes. Dans le manuscrit, le financement doit être reconnu dans la section de remerciement.

      Les références. Références bibliographiques en ES&T doivent être numérotés dans l'ordre d'apparition, et les numéros correspondants placés aux endroits appropriés dans le texte en exposant. L'exactitude des références est de la responsabilité des auteurs, qui sont encouragés à éviter les références à des travaux qui n'ont pas été évalués par des pairs. Les numéros DOI sont utiles mais pas obligatoires, à moins qu'ils ne soient les seules informations d'identification disponibles (par exemple, pour les articles récemment publiés). L'auto-citation excessive n'est pas autorisée. Toutes les références dans les publications qui seraient difficiles à obtenir pour la plupart des évaluateurs ou qui ne sont pas publiées doivent être téléchargées dans le ES&T Site de soumission de Paragon Plus en tant qu'informations pour &lsquoReview Only&rsquo.

      Des exemples de formats de référence sont disponibles ici. Les auteurs peuvent également consulter Le guide de style ACS pour plus d'informations sur le style et le format de référence.

      Tableaux et figures

      Les tableaux et les figures doivent être soigneusement conçus pour maximiser la présentation et la compréhension des données expérimentales en excluant les informations superflues. Veuillez consulter l'annexe 3 pour une liste des programmes graphiques approuvés et des sites Web qui ont des accords de droit d'auteur acceptables en place pour l'utilisation commerciale des graphiques et des images.

      les tables. Les tableaux doivent être simples, concis et compléter, et non dupliquer, les informations présentées dans le texte et les figures. Les tableaux doivent être intégrés dans le texte au point pertinent et être fournis avec les titres appropriés d'une phrase ou d'une phrase. Le titre doit être compréhensible sans référence au texte. Les détails ou les définitions doivent être placés en bas sous forme de notes de bas de page. Les tableaux doivent être numérotés consécutivement avec des chiffres arabes (c'est-à-dire, 1, 2, &hellip). Doublez-les avec de larges marges, assurez-vous que chaque entrée de données est placée dans sa propre cellule et préparez les tableaux dans un format cohérent, de préférence en utilisant une fonction de traitement de texte et de format de tableau.

      Les figures. Veuillez consulter l'annexe 2 pour plus de détails sur la façon de préparer les graphiques de votre figure, et l'annexe 3 pour une liste des programmes graphiques approuvés et des sites Web qui ont des accords de droit d'auteur acceptables en place pour l'utilisation commerciale des graphiques dessinés et des images copiées. Tous les graphiques des figures doivent être préparés et soumis en format numérique et de préférence intégrés dans le texte au point pertinent. Les graphiques doivent être numérotés consécutivement avec des chiffres arabes (c'est-à-dire 1, 2, ) et accompagnés d'une légende. Il est également acceptable de soumettre des fichiers TIFF, PDF, EPS (illustration vectorielle) ou CDX (fichier ChemDraw) séparés. Si des fichiers graphiques distincts sont soumis, ils doivent être nommés de manière à identifier clairement leur fonction (par exemple, schéma 1, figure 1). Chaque fichier graphique séparé doit également inclure la légende du graphique respectif dans le manuscrit lui-même.

      Chaque graphique de figure doit avoir une bonne résolution, être clair, concis et complet et utiliser une police lisible. Les couleurs peuvent être utilisées pour améliorer les graphiques. Les graphiques doivent répondre aux normes de qualité minimales de la revue ou seront retournés aux auteurs pour amélioration. Tout graphique (figure, graphique, schéma ou équation) qui est apparu dans une publication antérieure doit inclure une ligne de crédit citant la source originale. Les auteurs sont responsables d'obtenir l'autorisation écrite de réutiliser ce matériel.

      Exigences spéciales pour les graphiques des fichiers EPS et TIFF (à la fois lorsqu'ils sont intégrés dans un fichier Word et lorsqu'ils sont soumis séparément) :

      • Fichiers EPS : toutes les polices doivent être converties en contours ou intégrées dans le fichier graphique. Les paramètres du document doivent être en mode RVB.
      • Fichiers TIFF : les dessins au trait noir et blanc doivent avoir une résolution de 1200 dpi. Les illustrations en niveaux de gris (une image monochrome contenant des nuances de gris) doivent avoir une résolution de 600 dpi et les illustrations en couleur (mode couleur RVB) doivent avoir une résolution de 300 dpi.

      De plus, ACS Authoring Services peut préparer vos figures, tableaux et illustrations selon les spécifications exactes de la revue en votre nom. Cela inclut les modifications apportées au type de fichier, à la résolution, à la couleur, à l'espace, à la police, à l'échelle, à l'épaisseur des lignes et à la mise en page (pour améliorer la lisibilité et l'apparence professionnelle).

      Formules et équations. Les formules chimiques doivent être intégrées dans le texte au point pertinent et doivent correspondre à Le guide de style ACS. Les équations chimiques doivent être équilibrées et numérotées consécutivement avec les équations mathématiques. Les arguments mathématiques doivent être aussi brefs que possible.

      Structures chimiques. Les structures chimiques doivent être produites à l'aide d'un programme de dessin tel que ChemDraw.

      Objets Web améliorés (WEO). Les éditions Web des revues ACS permettent aux lecteurs de consulter des pièces jointes multimédias telles que des animations et des films qui complètent la compréhension de la recherche rapportée. Les WEO doivent être téléchargés dans ACS Paragon Plus avec &lsquoWeb Enhanced Object&rsquo sélectionné comme désignation de fichier. Consultez la liste des formats WEO compatibles.

      Renseignements à l'appui. Les données auxiliaires et le matériel intéressant principalement les spécialistes sont placés dans les informations de support pour raccourcir la longueur du texte dans les manuscrits de recherche. Veuillez consulter la section Informations complémentaires (SI) (facultatif) pour plus de détails ci-dessous.

      Illustration de la couverture avant. ES&T présente une image différente sur la couverture de chaque numéro. L'image de la couverture est généralement liée à un travail publié dans ce numéro particulier de la revue. Les auteurs sont encouragés à soumettre des images à utiliser sur de futures couvertures au moment de leur soumission initiale.

      Les images à considérer pour la couverture doivent être accrocheuses, imaginatives et originales. Les images inédites sont encouragées. Les couvertures doivent être soumises sous forme de fichier électronique au format eps, tif, jpg ou png (pas pdf ou ppt), et mesurer environ 8 pouces de large et 11 pouces de haut, avec une résolution minimale de 300 dpi (couleur) (2400 x 3300 pixels). Le fichier doit être envoyé sous forme de fichier en couches pour permettre l'amélioration artistique des éléments individuels. Les 3 pouces supérieurs de l'image de couverture seront masqués par le logo de la revue, et les 1 pouce inférieurs seront masqués par la barre Publications ACS. Les auteurs doivent également inclure une légende de 5 à 10 mots qui apparaîtra sur la couverture avant, et une courte description (moins de 50 mots) de la couverture qui sera publiée à côté de l'image. Exemples de précédents ES&T les couvertures peuvent être vues à https://pubs.acs.org/loi/esthag.

      Si l'image a déjà été publiée, les auteurs doivent inclure un formulaire d'autorisation signé de l'éditeur pour réimprimer l'image dans tous les formats de support (imprimé et électronique). Voir Copyright et autorisations sur le site Web ACS Paragon Plus pour plus d'informations. Si votre art est sélectionné pour la couverture, il sera publié sans frais pour les auteurs. ACS vous enverra également des informations sur la façon de demander une affiche imprimée gratuite 18&rdquo par 24&rdquo présentant votre travail.

      ES&T offre également aux auteurs un excellent moyen de promouvoir leur travail grâce à des couvertures supplémentaires. Soumettez votre idée de couverture, votre illustration et votre légende lorsque vous soumettez la révision de votre manuscrit dans ACS Paragon Plus. Si votre article est accepté pour publication, votre suggestion peut être sélectionnée pour être utilisée sur l'une des couvertures supplémentaires de la revue.

      Divulgations

      L'auteur correspondant doit révéler tout intérêt financier ou autre concurrent potentiel et/ou pertinent (de tous les auteurs) qui pourrait être affecté par la publication des résultats contenus dans le manuscrit. Les conflits d'intérêts potentiels et les sources de financement de la recherche rapportée doivent être clairement indiqués au moment de la soumission du manuscrit et inclus dans les remerciements. Si aucun conflit d'intérêts potentiel n'est déclaré, la déclaration suivante sera publiée dans l'article : &ldquoLes auteurs ne déclarent aucun intérêt financier concurrent.&rdquo Voir les directives éthiques de l'ACS pour plus de détails.

      Renseignements à l'appui

      Les auteurs sont encouragés à utiliser les informations de support (SI) pour présenter des données auxiliaires et du matériel d'intérêt principalement pour les spécialistes, afin de raccourcir le texte des manuscrits de recherche. Ces informations sont fournies aux évaluateurs au cours du processus d'évaluation par les pairs et sont disponibles gratuitement pour les lecteurs des travaux publiés sur le site Web de l'AEC. Les informations à l'appui doivent être soumises en même temps que le manuscrit. En particulier, la section Matériels et méthodes doit fournir les détails nécessaires au lecteur pour déterminer si les interprétations sont étayées par les données, mais les détails expérimentaux, y compris les schémas des appareils et les cartes des sites d'étude, doivent être rapportés dans SI, tout comme les détails calculs, dérivations, bases de données et données qui ne sont pas essentielles à la compréhension des résultats et de la discussion (par exemple, spectres de référence). Lorsque vous incluez des informations justificatives à des fins d'examen uniquement, incluez des copies de références non publiées ou sous presse. Ces fichiers ne sont disponibles que pour les éditeurs et les réviseurs. Consultez la liste des logiciels acceptables par désignation de fichier et confirmez que vos informations de support sont visibles.

      All SI files of the same type should be submitted as a single file (rather than as a series of files containing individual images or structures). For example, all SI available as PDF files should be contained in one PDF file, if possible, and all CIFs should be submitted as a single file. Whenever possible, SI should be consolidated into a single word-processing file with graphics embedded.

      SI should be formatted with a cover sheet listing authors, manuscript title, and the number of pages, figures, and tables. SI pages must be numbered consecutively, starting with page S1. Tables and figures should be numbered Table S1 and Figure S1. Reference to tables and figures included in the supporting information should be made in the main manuscript. A paragraph of descriptions should be placed at the end of the manuscript before the References. The appropriate format is:

      Graphique S1. Caption (single sentence or a few words to describe)

      Tableau S1. Caption (single sentence or a few words to describe)

      SI is not permitted for Correspondence/Rebuttal, Additions and Corrections, Features, Viewpoints, or Letters to the Editor.

      Data Requirements

      Nomenclature. Use abbreviations and acronyms sparingly, and all usage should be defined at the first occurrence in the text. Whenever possible, use systematic nomenclature as recommended by IUPAC and IUBMB for chemical compounds and biomolecules, and SI units. The ACS and IUPAC websites have links to nomenclature recommendations. Usually the chemical name or composition should be given in parantheses or in a reference at the first occurrence of such a name. Names of organisms should comply with genetic conventions, with genus and species names written in italics and spelled out in full on first appearance. Trademark names should be defined at the point of first use and registered trademark names should be capitalized whenever used. Registration marks are not required to ensure legal protection for the trademark. Trade and trivial names should not be capitalized.

      Data Presentation. Data should be presented in a way that makes interpretation clear to the reader.

      For more information on data presentation, see:

      Biological Assays. Exposure protocols and methods must be referenced or described in sufficient detail to permit the experiments to be repeated by other investigators. This includes for example information on the preparation of the test materials, medium components, and duration of exposure. In addition, the applied dose or dose range should be given in a meaningful unit and the relevance of the applied dose should be substantiated. Doses and concentrations should be expressed as molar quantities (e.g. &mumol/kg, mM, etc.), particularly when comparisons of potencies are made on compounds having large differences in molecular weights. The routes of administration of test compounds and vehicles should be indicated. Benchmarks should be included in form of appropriate positive or negative control substances or reference materials. Especially for studies on nanomaterials, assays should be checked for interference induced by nanomaterials, e.g. optical or chemical interference, masking of the analyte or other interference mechanisms by inclusion of appropriate controls. Also for studies on nanomaterials, sterilization procedures and specification of dilution steps as well as the order of addition should be provided, and as far as possible, various measuring units related to dose (e.g. surface area, mass, particle number per surface area, volume, cell number) should be given to increase comparability with other studies. Data may be presented as numerical expressions or in graphical form. Statistical limits (statistical significance) for the biological data are usually required. If statistical limits cannot be provided, the number of determinations and some indication of the variability and reliability of the results should be given. References to statistical methods of calculation should be included.

      Use of Human Subjects or Animals in Research. The American Chemical Society Publications rules and ethical guidelines provide mandatory standards of practice in experimental studies performed using biological samples obtained from animals or human subjects. Studies submitted for publication approval must present evidence that the described experimental activities have undergone local institutional review assessing safety and humane usage of study subject animals.

      Research Involving Animals. An indication that all animal experiments have undergone ethical review and were carried out with appropriate permissions or licences from national or institutional committees that cover the research must be provided. Relevant details listed in the latest version of the ARRIVE (Animal Research: Reporting of In Vivo Experiments) guidelines should be given, especially the description of animals (e.g. source, sex, age, species, and strain), experimental design (e.g. number of groups, number of animals in each group, how animals were divided, and a flow chart of the study protocol) and procedures (e.g. drug or chemical formulation, dose, treatment time and frequency). The numbers of animals for each experiment used in the research should be clearly stated in the Materials and Methods section in manuscript and legends of relevant Tables and Figures. Justifications for the doses used in the research should be included, and where appropriate, the relationship between these doses and relevant environmental or human exposure or intake levels is encouraged to be provided.

      Research involving Human Subjects. Authors must provide a statement that study samples were obtained through the informed consent of the donors, or in lieu of that evidence, by the authority of the institutional board that licensed the use of such material. The institution&rsquos name and approved IRB number must be listed in the paper. Details listed in the latest version of the STROBE (Strengthening the Reporting of Observational Studies in Epidemiology) guidelines and description of informed consent protocols must also be provided. Papers that include any aspect of Community-Based Participatory Research (CBPR) or citizen science must include information on practices employed to protect vulnerable populations

      Advancing scientific discoveries can be enhanced when data and materials are made available and readily exchanged. ES&T requires for all published articles that authors make materials, data, and protocols available to readers through deposition in a public database. A statement must appear in the submitted manuscript confirming submission of the data and indicating the data bank and any pertinent accession codes/ID.

      To identify the repository that meets your particular needs, you may find FAIR Sharing Databases, Registry of Research Data Repositories, and Repository Finder helpful. Authors may also want to further investigate unstructured and/or large data repositories, such as Dryad Digital Repository, figshare, Open Science Framework, and Zenodo, or institutional repositories for depositing data. If there is no appropriate repository available, general publicly available repositories should be used.

      In addition, ACS Publications&rsquo figshare houses all Supporting Information within the HTML presentation of the paper and at acs.figshare.com. Authors also agree to make available to interested academic researchers for their own use any materials reported in the manuscript that are not otherwise obtainable. Any restrictions to the availability of materials or information must be stated at the time of submission. The ACS Math Style Sheet and NMR Guidelines are available on the ACS Publishing Center.

      For sequence data and microarray data, the relevant accession numbers should be available at the time that the revision is submitted and should be listed at the end of the Materials and Methods section in the revised version of the manuscript.

      Proteomics data. Proteomic experiments must meet the standards established by the Journal of Proteome Research. More information is available in the Publication Guidelines for the Analysis and Documentation of Peptide and Protein Identifications. Protein sequences should be handled in the same way as described above, and accession number and database source should be included.

      Computer codes. When computer codes are developed or used and are an essential part of a manuscript, sufficient detail must be given, either within the paper or in the SI. Types of languages that are used in the computer codes, compiler/interpreter, and operating system with a specific version must be provided or properly cited. Upon request, after appropriate material transfer agreements to restrict the use of the materials so as to protect the legitimate interests of the authors, codes and input data must be made available for others to validate the calculations. Regardless of whether the source code is open or closed source, it must be properly cited in the References.

      Computational chemistry calculations. When computational chemistry calculations are performed, input data&mdash including force field parameters, equations defining the model (or references to where such material is available in the open literature), methods and approaches, and basis sets&mdashmust be given either within the paper or in the SI. If the software used for calculations is generally available, it must be properly cited in the References. References to the methods upon which the software is based must also be provided.

      Materials. When requested, the authors should also make a reasonable effort to provide samples of unusual materials unavailable elsewhere, including, but not limited to, clones, microorganism strains, antibodies, computer codes, etc., to other researchers, with appropriate material transfer agreements to restrict the field of use of the materials so as to protect the legitimate interests of the authors. Any restrictions to the availability of materials or information must be stated at the time of submission.

      Language and Editing Services

      A well-written paper helps share your results most clearly. The English in all submissions must meet the journal&rsquos minimum standards for publication. Manuscripts containing numerous errors in grammar and word choice can frustrate reviewers and make the review process challenging. ACS Publications&rsquo English Editing Service is designed to help scientists communicate their research effectively. Although using such a service does not guarantee acceptance of a manuscript, they may help in clarifying the significance of your research. Our subject-matter expert editors will edit your manuscript for grammar, spelling, and other language errors so your ideas are presented at their best.

      Preparing Graphics

      The quality of illustrations in ACS journals and partner journals depends on the quality of the original files provided by the authors. Figures are not modified or enhanced by journal production staff. All graphics must be prepared and submitted in digital format.

      Graphics should be inserted into the main body whenever possible. Please see Appendix 2 for additional information.

      Any graphic (figure chart, scheme, or equation) that has appeared in an earlier publication should include a credit line citing the original source. Authors are responsible for obtaining written permission to re-use this material.

      Figure and Illustration Services

      The impact of your research is not limited to what you can express with words. Tables and figures such as graphs, photographs, illustrations, diagrams, and other visuals can play a significant role in effectively communicating your findings. Our Figures service generates publication-ready figures that conform to your chosen journal&rsquos specifications. This includes changes to file type, resolution, color space, font, scale, line weights, and layout (to improve readability and professional appearance).


      Preparing for Submission

      Manuscripts, graphics, supporting information, and required forms, as well as manuscript revisions, must all be submitted in digital format through ACS Paragon Plus, which requires an ACS ID to log in. Registering for an ACS ID is fast, free, and does not require an ACS membership. Please refer to Appendix 1 for additional information on preparing your submission

      Prior Publication Policy

      ES&T Letters considers only original work for publication that has not been previously published and is not under consideration for publication elsewhere. Related work under consideration for publication in any medium must be cited in the manuscript and the Editor-in-Chief informed at the time of submission. In addition, an author must inform the Editor-in-Chief of prior dissemination of the content in print or electronic formats in the cover letter. Posting of pre-prints to a pre-print server such as ChemRxiv, bioRXiv, arXiv, or applicable repository for their discipline before the manuscript is accepted for publication is considered acceptable but requires citing of the pre-print. Authors may revise the preprint version of their manuscript up until a final acceptance decision has been issued. Please note the use of a pre-print server in the cover letter and provide a link to the preprint, and as appropriate, state how the manuscript has been adjusted/updated between deposition and submission. All other prior/redundant publication is forbidden. Failure to alert ES&T Letters in your cover letter to any prior publication of your submission may be viewed as an ethical violation. Upon publication in ES&T Letters, authors are advised to add a link from the pre-print to the published paper via the Digital Object Identified (DOI) that is assigned to the published article. Some preprint servers, including ChemRxiv and bioRXiv, include this link for authors automatically after publication.

      Authors submitting material that has been used in their thesis/dissertation must contact the Editor-in-Chief for approval. Authors will be asked to confirm that they alone hold the copyright to the work and to read and comply with the ACS dissertation policy and the conditions and procedures laid out in the ACS Journal Publishing Agreement (JPA). Authors will also need to make arrangements with their degree-granting institution (and any repositories to which their thesis/dissertation has been or will be posted) to either delay posting of the thesis/dissertation or remove the material from the Internet until the final paper is published by ES&T Letters (i.e. the work is considered under embargo). Finally, they will need to properly cite the ES&T Letters article in any versions of the thesis/dissertation made publicly available after the embargo period.

      Authors wishing to include published ES&T Letters material in their thesis/dissertation should follow the guidelines of the ACS dissertation policy. They must contact the Editor-in-Chief for permission, and properly cite and link to the published ES&T Letters article. Permission requests for all ACS Journal materials are handled through the RightsLink service. Please see the RightsLink instructions for complete details: https://pubs.acs.org/page/copyright/rightslink.html

      Proceedings of conferences and symposia.

      Authors cannot publish presentations in proceedings (paper or electronic) that are copyrighted (except by ACS) and then submit them to ES&T Letters due to copyright concerns. If the proceedings are not copyrighted, publishing a short abstract without figures or tables is permissible. It is the responsibility of authors to notify ES&T Letters of any abstracts that have been published in any form.

      ES&T Letters will consider for publication a paper or presentation that has been posted on a website available to the general public, provided that the site is the personal site of the author and is not connected to a commercial site. Authors must notify the journal at the time of submission if the material has been available on the Internet or equivalent electronic media and must remove the material from the site at the time of submission. When the paper is published, authors may provide an electronic link from that site to the ES&T Letters homepage. If the website is a commercial site not owned by ACS, the authors are advised that consideration of the paper may be endangered.

      Authors must confirm that they alone hold the copyright to the report. If a government or funding organization requires posting of a related report, please contact the Editor-in-Chief and provide specific details

      Editorial Policies

      Examen par les pairs

      All manuscripts submitted are reviewed and handled by the Editor-in-Chief and assigned to one of the Associate Editors. The Editor-in-Chief and Associate Editors evaluate the content and format of the paper. A significant fraction of manuscripts submitted to ES&T Letters are declined after review by an editor and are not sent for external review. Common reasons for declining manuscripts at this initial stage include insufficient urgency, novelty, lack of sufficient environmental relevance, failure to place the rationale for the study or the results in the context of existing literature, insufficient quality of the data, or problems with the manuscript presentation (length limits, inadequate English, figure quality).

      Manuscripts that meet editorial expectations are sent for external review to experts in the field. Associate editors select reviewers, monitor the progress of the review process, evaluate the comments of reviewers and forward them to the authors for their response, communicating ultimate acceptance or rejection to the corresponding author and carrying out a final check of accepted manuscripts.

      Peer review is used to ensure the highest possible quality in published manuscripts. Scientists with expertise in the subject matter are invited to evaluate the submission for its originality, validity, significance and impact on the field and suitability to the ES&T Letters. Typically three reviewers are selected per paper on the basis of the subject matter, available expertise and the Editor&rsquos knowledge of the subject area. Authors must also submit the names and addresses (including email addresses) of at least 4 potential reviewers who do not have conflicts of interest with the authors or manuscript content. Whenever possible, suggest academic email addresses rather than personal email addresses. However, the Editors are under no obligation to use specific individuals. Anonymous copies of the reviews and the Editor&rsquos decision regarding the acceptability of the manuscript are sent to the corresponding author. If the reviewers&rsquo evaluations of the manuscript disagree, of if reviewer&rsquos and Editor&rsquos comments are not satisfactorily addressed by the authors, the Editor may reject the manuscript or select additional reviewers to further assist in reaching a final decision on the manuscript.

      The editors may exercise their prerogative to decline a manuscript after editorial review if that paper is judged to outside the scope of ES&T Letters, is lacking in urgency, novelty, significance or impact, is poorly written or formatted, or is fragmentary and marginally incremental in its contribution.

      Submitting Revised Manuscripts and Response to Reviewers

      Following the peer review of your manuscript, the corresponding author may be requested to perform a revision of the manuscript in order to fully satisfy all peer review comments. If you are submitting a revised manuscript (or an authorized resubmission of a manuscript that was already peer reviewed), you must submit point-by-point responses to each of the comments of the reviewers. We recommend that you copy the reviewer&rsquos comment into the text immediately prior to your response. You should also upload, as &lsquoInformation for Review Only&rsquo, a version of the manuscript with changes highlighted to allow the editor to easily discern the revisions that have been made.

      Resubmission of Previously Declined Manuscripts to ES&T Letters

      If your manuscript is declined by ES&T Letters, read the decision letter carefully. Manuscripts are often declined because the editor determines that the subject matter is not appropriate for ES&T Letters or that the urgency, novelty or significance of the manuscript is insufficient.

      If you wish to submit a revised version of a declined manuscript to ES&T Letters, you must first contact the associate editor who handled your original submission to request permission to resubmit. If you receive permission to resubmit, indicate in your cover letter that it is an authorized revision of a previously submitted manuscript, provide the original manuscript number, and state how the manuscript has changed. If the manuscript was reviewed, submit a detailed, point-by-point list of your responses to each of the comments of the reviewers or provide convincing reasons for declining to do so. The manuscript should be submitted online (see the Manuscript Submission section of this Guide, below), where it will receive a new manuscript number. During the submission process, mark &ldquoYes&rdquo when asked if the manuscript has been previously submitted &ldquoin whole or in part.&rdquo Manuscripts that editors judge to be resubmissions, in whole or in part, of previously submitted manuscripts that do not comply with these rules will not be considered for publication. Moreover, failure to alert ES&T Letters to a resubmission, even in part, is an ethical violation.

      Appeal Process

      If your manuscript is declined by ES&T Letters and the author believes an error has been made, you may appeal the decision directly to the editor who made it, providing a clear explanation for why you believe he or she should reconsider the decision. If the editor upholds the rejection, you may appeal the decision to the Editor-in-Chief ([email protected]). When outlining your appeal to the Editor-in-Chief, please include confirmation that you first asked the handling editor to reconsider the decision and then provide a clear explanation as to why you believe that the associate editor&rsquos decision is unreasonable. The Editor-in-Chief&rsquos decisions on appeals are final.

      This same process should be used for appealing an editor&rsquos denial of your request to resubmit a previously submitted manuscript.

      Providing Potential Reviewer Names

      Please suggest 4 reviewers. Authors are encouraged to avoid suggesting reviewers from the authors&rsquo institutions. Do not suggest reviewers who may have a real or perceived conflict of interest. Whenever possible, suggest academic email addresses rather than personal email addresses.

      Manuscript Transfer

      If your submission is declined for publication by ES&T Letters, the assigned editors might deem your work to be better suited for another ACS Publications journal or partner journal and suggest that the authors consider transferring the submission. Manuscript Transfer simplifies and shortens the process of submitting to another ACS journal or partner journal, as all the coauthors, suggested reviewers, manuscript files, and responses to submission questions are copied by ACS Paragon Plus to the new draft submission. Authors are free to accept or decline the transfer offer.

      During the transfer submission process, authors will have the opportunity to revise the manuscript and address comments received from editors or reviewers. Requirements of the new journal may be different, so authors should also check the Author Guidelines for the new journal and make any needed revisions in order to conform to those requirements. Please keep in mind that the reviews, reviewer identities, and decision letter will all be transferred to the new journal. Authors are encouraged to identify changes made to the manuscript in a cover letter for the new journal.

      Note that each journal is editorially independent. Transferring a manuscript is not a guarantee that the manuscript will be accepted, as the final publication decision will belong to the editor of the next journal. Complete details can be found here.


      Wang, R., Li, Q., Helfer, C.M., Jiao, J. & You, J. Bromodomain protein Brd4 associated with acetylated chromatin is important for maintenance of higher-order chromatin structure. J. Biol. Chem. 287, 10738–10752 (2012).

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      Data Access

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      Obtaining a mapping of RefSeq ACs to Uniprot ACs - Biology

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      For each fully sequenced cDNA the DGRC maintains various forms of the cDNA (e.g tagged or untagged) in several different host vectors for subsequent cloning and expression in Drosophila and Drosophila cell lines.


      Obtaining a mapping of RefSeq ACs to Uniprot ACs - Biology

      As the COVID-19 pandemic continues to spread, thousands of scientists around the globe have changed research direction to understand better how the virus works and to find out how it may be tackled. The number of manuscripts on preprint servers is soaring and peer-reviewed publications using MS-based proteomics are beginning to emerge. To facilitate proteomic research on SARS-CoV-2, the virus that causes COVID-19, this report presents deep-scale proteomes (10,000 proteins >130,000 peptides) of common cell line models, notably Vero E6, Calu-3, Caco-2, and ACE2-A549 that characterize their protein expression profiles including viral entry factors such as ACE2 or TMPRSS2. Using the 9 kDa protein SRP9 and the breast cancer oncogene BRCA1 as examples, we show how the proteome expression data can be used to refine the annotation of protein-coding regions of the African green monkey and the Vero cell line genomes. Monitoring changes of the proteome on viral infection revealed widespread expression changes including transcriptional regulators, protease inhibitors, and proteins involved in innate immunity. Based on a library of 98 stable-isotope labeled synthetic peptides representing 11 SARS-CoV-2 proteins, we developed PRM (parallel reaction monitoring) assays for nano-flow and micro-flow LC–MS/MS. We assessed the merits of these PRM assays using supernatants of virus-infected Vero E6 cells and challenged the assays by analyzing two diagnostic cohorts of 24 (+30) SARS-CoV-2 positive and 28 (+9) negative cases. In light of the results obtained and including recent publications or manuscripts on preprint servers, we critically discuss the merits of MS-based proteomics for SARS-CoV-2 research and testing.


      Voir la vidéo: Comment réaliser un mapping vidéo? (Juillet 2022).


    Commentaires:

    1. Caersewiella

      Je l'aime le sujet

    2. Magahet

      Le sujet incomparable, c'est très intéressant pour moi :)

    3. Marcelus

      Je trouve que vous n'avez pas raison. Écrivez dans PM.

    4. Delrico

      C'est bien que vous preniez autant de temps pour votre site.

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